Keroro planea conquistar Pokopén retrocediendo al pasado en la época antigua en Japón, como el "shogun Keroro". Su idea es hacer un castillo gigante por medio de una maqueta. Gracias a un invento de Kururu, el potenciador nanoflux, el castillo consume lo que tiene cerca de él. Ya con la forma que quería Keroro, el castillo toma conciencia propia y se pone en marcha hacia Kioto. El sargento se pone manos a la obra para detener el castillo y así convertirse en el "shogun Keroro". ¿Conseguirá detenerlo?